遺伝子のゲノム配列情報をNCBIやMGIから入手してSnapGene Viewerで確認する方法

研究・実験・勉強

 本記事では 「遺伝子のゲノム配列情報をNCBIやMGIから入手してSnapGene Viewerで確認する方法」 について解説します。

NCBIからゲノム配列情報を入手

NCBIにアクセスして遺伝子名で検索

 NCBIにアクセスします。Googleで 「NCBI」 と検索すればヒットします。

National Center for Biotechnology Information

 NCBIの検索ボックスに「生物種 目的遺伝子名」を入れて検索します(例 「Human SRY」、「Mouse Xist」など)。検索結果にある目的遺伝子の「GENE」のページに進みます(下記にHuman SRYのGENEページを例示)。

SRY sex determining region Y [Homo sapiens (human)] - Gene - NCBI

目的遺伝子のGeneBankファイルを入手

 Geneページをスクロールし「NCBI Reference Sequences (RefSeq) → Genomics → Download → GeneBank」をクリックします(下記にHuman SRYのGeneBankページを例示)。Genomicsが複数ある場合は「Primary Assembly」の記載があるGenomicsを選択します。

Homo sapiens chromosome Y, GRCh38.p14 Primary Assembly - Nucleotide - NCBI

 GeneBankページの右上の「Send to → Completede Recordにチェック→ File にチェック → FormatをGeneBank → Create File」を順に選択すると、GeneBankファイルがパソコンにダウンロードされます。

SnapGene ViewerでGeneBankファイルを確認

 Googleで 「SnapGene Viewer」と検索し、SnapGene Viewerのダウンロードページに行きます。メールアドレスを入力することで無料で入手できます。

SnapGene Viewer | Free software for plasmid mapping, primer design, and restriction site analysis
Make plasmid maps automatically, browse chromosomes, view and edit sequence traces, and share annotated DNA sequences wi...

 ダウンロード済みのGeneBankファイルをSnapGene Viewerで開いてゲノム配列情報を確認します。

 必要に応じてSnapGene Viewerのウインドウ上部から「フィーチャー → フィーチャーを追加、切断個所を追加」や「プライマー → プライマーを追加」を実施します。

MGIからゲノム配列情報を入手

 マウスの遺伝子の情報はMGIから入手することもできます。

MGIにアクセスして遺伝子名で検索

 MGIにアクセスします。Googleで 「MGI」 と検索すればヒットします。

MGI-Mouse Genome Informatics-The international database resource for the laboratory mouse
MGI: the international database resource for the laboratory mouse, providing integrated genetic, genomic, and biological...

 MGIIの検索ボックスに「目的遺伝子名」を入れて検索します。検索結果にある目的遺伝子のページに進みます(下記にMouse Sryのページを例示)。

Sry MGI Mouse Gene Detail - MGI:98660 - sex determining region of Chr Y
View mouse Sry ChrY:2662471-2663658 with: phenotypes, sequences, polymorphisms, proteins, references, function, expressi...

目的遺伝子のゲノム配列情報を入手・確認

 「Sequences & Gene Models → Representative Sequences」のアクセッション番号をコピーします。ゲノムだけでなくmRNAやペプチドの情報も入手できます。番号の形式はデータベース毎に異なります(例 NCBI [21674, NM_011564], UniProt [Q05738]、Ensembl [ENSMUSG00000069036])。

 「Sequences & Gene Models → All Sequences」をクリックすることで、Representative Sequences以外の配列情報を入手することもできます。

 コピーしたアクセッション番号をSnapGene Viewerの「ファイル → インポート → NCBI, UniProt, or Ensembl シークエンス」にコピーして入力すると、各配列情報がSnapGene Viewer に自動的にインポートされます。後の手順はNCBIからGeneBankファイルを入手した場合と同様です。

以上、ゲノム配列情報を扱う研究の参考になれば幸いです。

マウスのゲノム編集に関しては下記の記事もご覧ください。

ウェブツールに関しては下記の記事もご覧ください。

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