本記事では 「遺伝子のゲノム配列情報をNCBIやMGIから入手してSnapGene Viewerで確認する方法」 について解説します。
NCBIからゲノム配列情報を入手
NCBIにアクセスして遺伝子名で検索
NCBIにアクセスします。Googleで 「NCBI」 と検索すればヒットします。
NCBIの検索ボックスに「生物種 目的遺伝子名」を入れて検索します（例 「Human SRY」、「Mouse Xist」など）。検索結果にある目的遺伝子の「GENE」のページに進みます（下記にHuman SRYのGENEページを例示）。
目的遺伝子のGeneBankファイルを入手
Geneページをスクロールし「NCBI Reference Sequences (RefSeq) → Genomics → Download → GeneBank」をクリックします（下記にHuman SRYのGeneBankページを例示）。Genomicsが複数ある場合は「Primary Assembly」の記載があるGenomicsを選択します。
GeneBankページの右上の「Send to → Completede Recordにチェック→ File にチェック → FormatをGeneBank → Create File」を順に選択すると、GeneBankファイルがパソコンにダウンロードされます。
SnapGene ViewerでGeneBankファイルを確認
Googleで 「SnapGene Viewer」と検索し、SnapGene Viewerのダウンロードページに行きます。メールアドレスを入力することで無料で入手できます。
ダウンロード済みのGeneBankファイルをSnapGene Viewerで開いてゲノム配列情報を確認します。
必要に応じてSnapGene Viewerのウインドウ上部から「フィーチャー → フィーチャーを追加、切断個所を追加」や「プライマー → プライマーを追加」を実施します。
MGIからゲノム配列情報を入手
マウスの遺伝子の情報はMGIから入手することもできます。
MGIにアクセスして遺伝子名で検索
MGIにアクセスします。Googleで 「MGI」 と検索すればヒットします。
MGIIの検索ボックスに「目的遺伝子名」を入れて検索します。検索結果にある目的遺伝子のページに進みます（下記にMouse Sryのページを例示）。
目的遺伝子のゲノム配列情報を入手・確認
「Sequences & Gene Models → Representative Sequences」のアクセッション番号をコピーします。ゲノムだけでなくmRNAやペプチドの情報も入手できます。番号の形式はデータベース毎に異なります（例 NCBI [21674, NM_011564], UniProt [Q05738]、Ensembl [ENSMUSG00000069036])。
「Sequences & Gene Models → All Sequences」をクリックすることで、Representative Sequences以外の配列情報を入手することもできます。
コピーしたアクセッション番号をSnapGene Viewerの「ファイル → インポート → NCBI, UniProt, or Ensembl シークエンス」にコピーして入力すると、各配列情報がSnapGene Viewer に自動的にインポートされます。後の手順はNCBIからGeneBankファイルを入手した場合と同様です。
以上、ゲノム配列情報を扱う研究の参考になれば幸いです。
マウスのゲノム編集に関しては下記の記事もご覧ください。
ウェブツールに関しては下記の記事もご覧ください。
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